Las palabras significativas que forman el nombre de un departamento, división interna o área de una organización o empresa se escriben con mayúsculas iniciales. 

Uso inadecuado

• El sindicato avisó al departamento de Recursos Humanos.

• El departamento de salud avisa a los fumadores.

• Reabre al público el departamento de urbanismo de Castro Urdiales.

Uso adecuado

• El sindicato avisó al Departamento de Recursos Humanos.

• El Departamento de Salud avisa a los fumadores.

• Reabre al público el Departamento de Urbanismo de Castro Urdiales.

De acuerdo con la ortografía académica, se escriben con mayúscula inicial todas las palabras significativas que componen la denominación de entidades, instituciones, organismos y departamentos o divisiones administrativas. Así, lo adecuado es escribir Departamento de Recursos Humanos o Área de Gestión Administrativa, igual que se escribe Ministerio de Sanidad y Consumo o Universidad Nacional de México.

Además, la mayúscula también se aplica al término o términos con que habitualmente se mencionan de forma abreviada una institución o una entidad, como en Contabilidad por Área de Contabilidad. 

Esta mayúscula puede mantenerse, aunque no es obligatoria, cuando, habiendo mencionado antes el nombre completo del departamento, hay una mención anafórica posterior introducida directamente por el artículo determinado, no por otros determinantes ni con adjetivos antepuestos; así, si en un primer momento se ha escrito el Departamento de Contabilidad, es posible optar luego simplemente por el Departamento, pero lo adecuado es este departamento, el citado departamento o nuestro departamento, no este Departamento, el citado Departamento ni nuestro Departamento.

Fuente