Según el historiador Calcagno, este benemérito patricio tiene un origen misterioso.

Se sabe de su origen canario porque fue uno de los pocos que se salvaron en el naufragio de la fragata mercante Perla, que en 1671 iba de Canarias con rumbo a La Habana.

A este individuo debe su fundación el hospital de San Juan de Dios. Se encargaba de asistir a los enfermos y vivía en un colgadizo que servía para guardar la lancha del Morro, situado en el lugar donde existió después la puerta principal de la iglesia que llevaba el nombre del mencionado asilo de la caridad.

Fue más tarde religioso franciscano, continuando en su humanitario ejercicio de cuidar enfermos y socorrer a los desvalidos con las limosnas que recogía del vecindario.

Era tan caritativo que, según afirma el historiador Arriate, dispuso en una casa acomodada, aunque pequeña, una enfermería a la que llevaba, y atendía cuidadosamente, a cuantos forasteros desvalidos encontraba en las calles de la ciudad.

Este misterioso personaje, del cual se cuentan tantas historietas, arribo al Puerto de La Habana hacia el año de 1677. Por aquellos tiempos salían de Canarias para las Américas muchos compatriotas, como el padre Pedro de Bethencourt, de quien nos hemos ocupado en otro lugar, que tenían por misión sagrada la enseñanza gratuita y la caridad.

Pertenecía Sebastián de la Cruz al apostolado de los betlemitas.